Os jogadores continuam a jornada de Sackboy após os eventos do primeiro jogo e da versão portátil. Um aspirador de pó inter-dimensional chamado Negativitron aparece sobre os céus de LittleBigPlanet e começa a sugar seus habitantes, incluindo Sackboy. Larry Da Vinci, o líder de um grupo semi-organizado conhecido como "A Aliança", vem em socorro de Sackboy, salvando-o de Negativitron. A organização se dedica a lutar com o Negativitron e derrotá-lo antes que ele destrua o ArteMundo (nome alternativo para o ambiente do jogo). Depois de Sackboy passar nos testes no esconderijo de Larry, ele lhe diz que eles devem chegar ao laboratório de Victoria Von Bathysphere, uma vez que ela construiu um exército de Sackbots para a Aliança.